En 1537 un grupo de familias españolas radicadas en la provinicia de Michoacán dejó la antigua capital de provincia (Pátzcuaro), y en 1541 pidieron a la corona española el territorio que hoy ocupa Morelia para su nueva ciudad. El virrey Don Antonio de Mendoza dio el permiso para construir la capital nueva, en el valle de Guayangareo. El primer nombre de la ciudad fue Ciudad de Mechoacán, pero fue cambiado a Valladolid en 1545, año en que el rey Carlos I de España (también conocido como el emperador Carlos V en el Sacro Imperio Romano-Germánico), concedió las armas a la ciudad.

En el año de 1625 se adoptó la bandera de la ciudad, la cual consiste en 2 franjas, una roja y otra amarilla, que emulaban los colores del reino de España. Además, no sólo era bandera de la ciudad capital, sino también del Reino de Michoacán.

El escudo de armas en el centro de la bandera fue creado para la provincia. Ésta utilizada como bandera de Valladollid hasta la caída (19 de marzo de 1823) de Agustín de Iturbide, después de lo cual fue prohibida debido a su historia y colores coloniales.

Fue propuesta para ser utilizada una vez más como bandera de la ciudad en 1991, durante el 450 aniversario de la fundación oficial de Morelia. La bandera es actualmente ondeada en la ciudad y otros varios edificios públicos.

Esta bandera es de las más antiguas de México, también el club deportivo Monarcas Morelia ha retomado los colores de la bandera colonial de la antigua Valladolid.